隔膜的产生——情淡如水的时代
元代是中华文明的一次大断层，更是中日关系的一大转折点。蒙古的扩张其实是游牧文明向农耕文明第三次大冲击。到了1271年元朝建立时，整个东亚地区只剩下了苟延残喘的南宋和孤悬海外的日本还保持着独立。
从1268年开始，蒙古先后3次遣使赴日要求建交，实际上是在勒令朝贡。执掌实权的武士政权并不买账，甚至还斩杀元使，以示抗战决心。1274年，平定了高丽义军的忽必烈派出远征军征日，1281年灭宋后再次动员14万大军攻日，居然两次横遭台风而败北，日本人称之为“文永，弘安之役”或“蒙古来袭”。依靠两次“神风”庇佑，日本维护了民族独立。
蒙古来袭导致中日关系破裂，但对于贸易的喜好似乎是所有游牧文明或海洋文明的特性，所以民间贸易并未中断。但这种政冷经热的局面到了元朝灭亡，汉族掌权后，居然持续恶化。
此时中日两国都处于政权的更替期：中国汉族人开始向蒙古人反击，而日本武士也在和企图复辟的宫廷贵族进行生死搏斗，是为日本史上的南北朝时期。战乱阻碍了贸易和文化交流，催生的盗匪反过来又危害贸易安全，所以，除了些大胆的学问僧，中日基本上停止了来往。
中国首先结束战乱，建立明朝，光复了中华文明。但因蒙古冲击而遭到破坏的中华朝贡体系更需要明朝修复。日本作为中华文明圈重要一环，自然受到重视，再加上现实中的倭寇问题，明朝遣使赴日交涉。然而，日本政局仍旧动荡不安。南北两军在各地大打出手。明使居然被血气方刚的南朝怀良亲王斩杀，此后怀良亲王甚至涉嫌胡惟庸叛乱。明太祖一气之下，竟然全面禁止对日贸易，整顿海防，清剿倭寇。
1391年，北朝的室町幕府统一日本。为了满足商人阶层对贸易和统治阶层对中国奢侈品的需求，以及借助中国权威巩固自身地位的政治考虑，幕府将军足利义满恢复了对华贸易，最终与永乐皇帝建立了以朝贡方式进行，且由官方严格控制的限制性的“勘合贸易”，一来可以增加幕府收入，二来防止倭寇浑水摸鱼。勘合贸易实际上并不平等，更有利于日本。明朝恐怕是中国历史上最好大喜功的王朝，七下西洋到处散财，亏本赚吆喝就是明证。当时日本贸易团在华衣食住行花销全由明朝负责，部分商品采取日本朝贡，明朝回赠的形式，但回赠品价值往往高出朝贡品很多。日本对华贸易利润巨大，也无怪乎幕府要将贸易权控制在手上了。勘合贸易每逢明朝新帝即位，都要改签一次，一直持续到1547年中断。
在这里不得不提到倭寇问题。首先要明确的是，倭寇入侵自始至终都不是日本的国家行为，而只是由职业海盗、走私商人和日本九州诸侯参与的跨境海盗集团作案。最初的倭寇也只是些打秋风的小角色，宋元时起就活动于朝鲜及中国沿海，及至日本南北朝时期，大批南朝败兵流亡海上，加入海盗，倭寇才开始猖獗起来。这就好比中国解放战争导致国民党败兵逃入缅甸泰国，成为当地社会毒瘤一样，责任都不应该由新政权来承担。事实上，日本当局在清剿倭寇问题上并不含糊，曾捣毁海盗在濑户内海的老巢。倭寇干脆把老巢移至中国岛屿，令陷入内战的日本鞭长莫及。而承平日久的明朝又御敌乏术，最糟糕的是，明朝始终没有认清倭寇祸水实源于海禁政策。以往勘合贸易一开，倭寇活动见少；一旦关闭，复又猖狂。到了后期，倭寇成分发生变化。由于日本内战加剧，倭寇中的浪人因为有了用武之地而离开，大批的中国走私者填补了空白。中国沿海的一些官吏和商人为利益所驱使，竟然勾结倭寇，甘为内应。实际上，后期倭寇中至少一半是中国人。曾有浙江巡抚朱纨剿倭有功，却因严格执行海禁国策，竟被当地官商联名上书朝廷，被诬下狱冤死。直至起用戚继光和俞大猷，方于1566年平息倭乱。
30年后，一场大战在中日间爆发，即万历朝鲜战争，日本称作“文禄，庆长之役”。有人将之归结为丰臣秀吉或日本的野心，窃以为有失精准：当时日本初定，需要的不是战争，而是休养生息。实际上武士阶层普遍反对开战，真正在煽风点火的是曾经资助秀吉统一日本的关西商人，譬如充当侵朝先锋的小西行长就是常年从事对朝贸易的药商出身。从战争动机来看，侵朝战争具有双重属性：武士需要土地，商人需要原料产地和市场。
战败导致丰臣政权迅速垮台，烂摊子交给了德川家康。战争虽然结束，但引发的仇恨和不信任感难以消除。到了1633年，日本开始闭关锁国，但民间贸易得以维持，幕府的朱印船贸易实际上是变相的勘合贸易。明朝灭亡后，中日交流方才频繁起来。大批明朝遗民东渡日本，偏安的南明小朝廷也希望借日本军力光复河山，多次遣使来日乞派援军。明使居日期间种种昏聩奢靡之举使得日本作出判断：南明是扶不起的阿斗，不足以抗击清军，但还是进行了物资援助。双边关系意外地因为明朝灭亡而升温，交流的深入甚至远盖唐宋。譬如郑成功之母是萨摩藩士田宫之女，南明军队身披倭甲，手执日本火绳枪作战者也大有人在。
清朝统一台湾后，开放海禁，中日贸易额攀升，但日本居于劣势，长年入超，不得不限制贸易。日清关系较前相对平淡，却非常稳定，交通的便利使得文化交流规模空前。清人的考据学风传入，对处于成型期的日本民族性格起到了塑造作用。然而，日本在深层心理上却和清人产生了隔膜。在日本看来，中华文明已经葬送在满人手中，清朝非中华文明正统。类似的情绪并非日本独有，朝鲜也常以小中华自居，认为清朝是蛮夷。当时，来日的清商经常遭到日本知识分子的奚落和揶揄，焦点不外乎清人的辫子和旗装。虽说平平淡淡总是真，但这份平淡的真诚在19世纪也走到了尽头。